1865`da komşu Hotand Hanlığından Yakub Beg Kaşgar`a girer ve ardından gelen altı yıl boyunca neredeyse tüm Doğu Türkistanı`ı ele geçirir. Ancak 1871`de kargaşadan yararlanan Ruslar Gulca dahil olmak üzere zengin İli nehri vadisini işgal eder. Qing Hanedanı generali Zuo Zongtang 1875-1877 arasında bölgenin kontrolünü tekrar ele geçirerek Yakub Beg in hakimiyetine son verir.
1881`de diplomatik çabalarla Gulca bölgesini geri alınır. 1884`te Qing Hanedanı Sincan Eyaleti ni kurarak burayı Çin idari sistemine bağlar.
1912`de Çing Hanedanının yerini Çin Cumhuriyeti alır. Sincan`daki Qing valisi Yuan Dahua kaçarak yerini Yang Zengxin e bırakır. Sincan`ın Çin Cumhuriyetine devrini gerçekleştiren Yang Zengxin 1928 daki ölümüne kadar bölgenin valisi olarak kalır.
Kök Bayrak Doğu Türkistan İslâm Cumhuriyeti nde kullanılan bayrak, günümüzde Doğu Türkistan bağımsızlık hareketinin sembolü olarak kullanılmaktadır. Kullanımı Çin de yasaklanmıştır.
1930`larda patlak veren isyanlar 1933`de Kaşgar`da Birinci Doğu Türkistan Cumhuriyeti (Doğu Türkistan İslâm Cumhuriyeti) nin ilanıyla sonuçlanır. Kısa süreli Doğu Türkistan İslâm Cumhuriyeti nin ardından Çinli bir savaşbeyi olan Sheng Shicai Doğu Türkistan`ın kontrolünü ele geçirir.
Doğu Türkistan Cumhuriyeti
1944-1949 arasında Sincan`ın kuzeyinde bugünkü İli Kazak Özerk Bölgesi nde Sovyetler Birliğinin desteğiyle İkinci Doğu Türkistan Cumhuriyeti kurulur. Doğu Türkistan Cumhuriyeti 1949`da Halk Kurtuluş Ordusu`nun Sincan`a girmesiyle birlikte sona erer.
1954 de kurulan Sincan Ü retim ve İnşaat Kolordusu bölgenin Hanlaştırmasına yardımcı olmaktadır. 1 Ekim 1955 te Sincan Eyalet statüsünden çıkarılarak Özerk Bölge olarak ilan edilir.
