İskenderiye Kütüphanesi hakkında genel kanı, çıkan çeşitli fanatik görüşler nedeniyle, antik Pagan tapınakları ve yapıların imhası sırasında Hristiyanlar tarafından yakıldığı yönündedir. Yaygın anlatılan hikâyeye göre, 391 yılında Doğu Roma'nın Mısır Valisi Theophilos, İskenderiye’de Mısır’ın eski din mensuplarına ait Osiris tapınağında olan bir arsayı, kilise inşa etmeleri için Hristiyanlara verdi.
Romalıların verdiği arsada yapılacak kilisenin temel kazıları sırasında üzerinde eski dine ait yazılar bulunan bir taş çıktı ve Hristiyanlar bunu alay konusu yaptılar. Yaşanan bu hadise sonrasında şehirde hayli kalabalık olan Pagan inancına mensup insanları kızdırdı ve sonunda İskenderiye’de dini bir ayaklanma çıktı. Taraflar şiddetli şekilde çarpıştı ve insanlar toplu halde kılıçtan geçirildi. İskenderiye Kütüphanesi’nin olduğu bölge yerle bir edildi.
İmparator I. Theodosius, valiye diğer büyük şehirlere göre eski dinin İskenderiye’de, neden kadar canlı olarak sürdüğünü sordu. Aldığı yanıt, “İskenderiye Kütüphanesi’nin eski putperestlik kültürünü devam ettiren kitapları” oldu. İmparator buna öfkelendi ve kütüphanedeki bütün kitapların yok edilmesini söyledi.
İskenderiye Kütüphanesi’ndeki tüm eserler şehrin hamamlarına dağıtılarak yaktırıldı. Böylelikle insanlık tarihinin en önemli bilim ve kültür hazinelerin biri de yok olmuş oldu. Çok eskiden İskenderiye Kütüphanesi’ndeki kitapların, şehrin Müslümanlar tarafından fethedilmesinden kısa bir süre sonra ikinci İslam Halifesi Ömer’in emriyle Mısır Fatihi Amr İbnül-As tarafından yakılarak yok edildiği ileri iddia edilmiştir.
Arkeofili’nin haberine göre, Büyük İskender, MÖ 331 civarında Nil Deltası’nın kuzeybatı ucunda Mısır’da İskenderiye şehrini inşa etti. 8 yıl sonra hayatını kaybettiğinde, imparatorluğu generalleri arasında bölüşüldü. Generallerden biri olan Ptolemaios Soter, Mısır’ın hükümdarı oldu ve başkentini İskenderiye’de kurdu. Onun ve soyundan gelenlerin hükümdarlığı altında gelişen bir ticaret merkezi ve Akdeniz liman şehrine dönüşen İskenderiye, Helenistik dönemin en büyük ve en zengin şehirlerinden biri haline geldi (MÖ 323’ten MÖ 30’a kadar).
Kütüphanenin arşivlerinde filozoflar Platon, Aristoteles ve Pisagor ile dramatik şairler Aeschylus, Sophocles ve Euripides de dahil olmak üzere klasik antik çağın ünlü Yunan yazarlarının birçoğunun eserleri mevcuttu. Hipokrat’ın tıbbi metinleri, Sappho, Pindar ve Hesiod’ un şiirleri ve Thales, Democritus ve Anaximander’in bilimsel yazıları da yer alıyordu.
Kütüphaneciler diğer kültürlerin eserlerini de topladılar. Britannica’ya göre kütüphanede eski Mısır, Babil, Fars, Asur ve Hint metinleri yer aldı. Bunların dışında Yahudi, Zerdüşt ve Budist metinler de mevcuttu.