Osmanlı`nın Ayasofya`sı cami olmaktan çok daha ötede bir kimliğe sahiptir. Çevresine inşa edilen bir medrese ile okulların yanısıra vakıf ve imaret gibi diğer müesseseleriyle beraber devletin önemli bir kurumudur ve Ayasofya`nın imamları, Osmanlı protokolünün ön sırasında yer alır. Bu yazımda, Ayasofya`nın pek bilinmeyen bir özelliği bahsedeceğim. Avlusuna 16. ve 17. yüzyıllarda inşa edilmiş ama elli seneden fazla bir zamandan bu yana ziyarete kapalı olan dört ayrı türbe ile, bir 'hanedan mezarlığı'dır. Avludaki türbelerde üçpadişahın yanısıra çok sayıda şehzade ve sultan yatmaktadır, türbelerin hemen ilerisinde, Ayasofya`nın kilise olduğu zamanlarda yeni doğmuş çocukların 'dine giriş' merasimlerinin yani vaftizlerin yapıldığı'vaftizhane'de iki padişah, Sultan Mustafa ile Sultan İbrahim ve diğer hanedan mensupları türbeleri vardır.
Yapı, vaftizhâne olarak mimarisi bakımından benzer binaların en büyük ölçülü olanlarındandır. Türbeye dönüştürüldüğünde bazı değişikliklere lüzum görülmüştür. Bu işleri kimin yaptığı bilinmezse de bu yıllarda hassa mimarlarından Kasım Ağa akla gelen ilk isimdir. Binanın tam ortasında gömülü olan mermer vaftiz teknesini dışarı çıkarmak için Ayasofya tarafındaki duvarda geniş bir gedik açılarak tekne burada duvara yanaştırılmış, ardından tekrar örülmüştür. Binanın batı tarafındaki esas girişi iptal edilerek bir pencere biçimine sokulmuş, evvelce narteks durumunda olan çapraz tonozlu üçbölüm halindeki kısmın orta bölümüne Kaya Sultan defnedilmiştir. Köşelerdeki eksedraların içlerindeki nişlerle pencereler örülerek dolap haline getirilmiş ve eksedraların yarım kubbeleriyle pandantifler ve ana kubbe kalem işi klasik üslû pta nakışlarla süslenmişti. Türbenin girişi binanın kuzeydoğu köşesindeki eksedrada açılan bir kapı ile sağlanmıştır. Bunun dışına ve eski vaftizhânenin doğu tarafına bitişik bir sundurma, hol ve türbedar odası yapılmıştı.
Ayasofya camiye dönüştürülünce burası, kandil yağlarının depolandığı bir ambar haline getirilerek iki yüzyıl kadar böylece kullanıldıktan sonra XVII. yüzyılın ilk yarısı içinde türbeye çevrilmiştir. Osmanlı padişahlarının bazıları sağlıklarında yaptırdıkları özel türbelere gömülmüş, bazılarının defnedildikleri yerde üzerlerine bir türbe inşa edilmiş, pek azı da esası Bizans dönemine ait olan eski yapılardan çevrilen türbelere gömülmüştür. Osman ve Orhan Gazi`nin Bursa`daki türbelerinden sonra eski bir Bizans yapısının aynı maksatla kullanılmasının ancak XVII. yüzyılda bir daha tekrarlandığı görülmektedir. Sultan I. Mustafa ile Sultan İbrâhim`in türbesi olan bu mezar binası daha çok bu ikinci padişahın adıyla tanınır.
1617-1618`de doksan dört gün, arkasından 1622-1623`te bir yıl dört ay kadar padişahlık yapan I. Mustafa 1639 yılının ilk günlerinde vefat etmiş veya IV. Murad`ın emriyle öldürülmüştür. Kendisi için önceden bir türbe inşa edilmemiş olan I. Mustafa`nın, İstanbul`da o sırada mevcut selâtin türbelerinin hiçbirinde yer bulunmadığı gerekçesiyle Ayasofya`nın eski vaftizhânesine gömülmesine karar verilmiştir. Naî mâ bunu, I. Mustafa`nın 'Ayasofya hareminde kapıya muttasıl kable`l-feth bina olunmuş bir kubbe-i âliyede' defnedildiği şeklinde zikreder. Evliya Çelebi ise bu hususta daha geniş bilgi verir: Sultan Mustafa öldüğünde türbeler dolu olduğundan ona yer bulunamamış ve naaşı on yedi saat musallâda bekletildikten sonra nihayet Evliya Çelebi`nin sarayda kuyumcubaşı olan babası Derviş Mehmed Zıllî `nin hatırlatmasıyla Ayasofya`nın hareminde mevcut eskiden bir yağhâne kubbesi olan kâgir binanın içine gömülmüştür. Fakat binanın içinde toprak bulunmadığından Hasbahçe`den toprak getirtilerek kabir örtülmüştür.
1617-1618`de doksan dört gün, arkasından 1622-1623`te bir yıl dört ay kadar padişahlık yapan I. Mustafa 1639 yılının ilk günlerinde vefat etmiş veya IV. Murad`ın emriyle öldürülmüştür. Kendisi için önceden bir türbe inşa edilmemiş olan I. Mustafa`nın, İstanbul`da o sırada mevcut selâtin türbelerinin hiçbirinde yer bulunmadığı gerekçesiyle Ayasofya`nın eski vaftizhânesine gömülmesine karar verilmiştir. Naî mâ bunu, I. Mustafa`nın 'Ayasofya hareminde kapıya muttasıl kable`l-feth bina olunmuş bir kubbe-i âliyede' defnedildiği şeklinde zikreder. Evliya Çelebi ise bu hususta daha geniş bilgi verir: Sultan Mustafa öldüğünde türbeler dolu olduğundan ona yer bulunamamış ve naaşı on yedi saat musallâda bekletildikten sonra nihayet Evliya Çelebi`nin sarayda kuyumcubaşı olan babası Derviş Mehmed Zıllî `nin hatırlatmasıyla Ayasofya`nın hareminde mevcut eskiden bir yağhâne kubbesi olan kâgir binanın içine gömülmüştür. Fakat binanın içinde toprak bulunmadığından Hasbahçe`den toprak getirtilerek kabir örtülmüştür.
Evliya Çelebi, Sultan İbrâhim Türbesi`nin âdeta kadınlar tarafından ziyaret edilen bir yatır makamı haline geldiğini belirtir ve, 'Bu kubbe içinde medfun olanların hepsi kadın sultanlardır' dedikten sonra türbede Sultan I. Ahmed`in kızları, Bayram Paşa`nın zevcesi Hanzâde Sultan ile Kenan Paşa`nın zevcesi  tike Sultan`ın ve IV. Murad`ın kızı, Melek Ahmed Paşa`nın zevcesi olup doğum yaparken 1069 (1659) yılında ölen İsmihan Kaya Sultan`ın kabirlerinin bulunduğunu bildirir. Ayvansarâyî , XVIII. yüzyıl sonlarında kaleme aldığı eserinde Sultan Mustafa ile İbrâhim`in türbesinde Osmanlı hânedanından on beş kişinin yattığını belirterek bunlardan yedisinin, Sultan Mustafa ile Sultan İbrâhim, II. Ahmed`in oğlu Şehzade İbrâhim, Sultan IV. Murad`ın kızları Kaya ve İsmihan sultanlar, I. Ahmed`in kızı ve Bayram Paşa`nın zevcesi Hanzâde Sultan ve yine I. Ahmed`in kızı ve Kenan Paşa`nın zevcesi  tike Sultan`ın adlarını verir. Halû k Şehsuvaroğlu ise bu türbede iki padişah, beş şehzade, altı yetişkin hanım sultanla dört çocuk sultan olmak üzere toplam on yedi kişinin sandukalarının bulunduğunu yazmıştır.
