Osmanlı tarihinde öldürülen şeyhülislam sayısı üçtür:
1-Ahizade Hüseyin Efendi
Sultan Dördüncü Murad Bursa'ya giderken yolların bozukluğundan dolayı, İznik kadısının idam edilmesi için emir vermişti. Bigünah olan zavallı kadı kale kapısına asıldı, cesedi üçgün meydanda bırakıldı. Ulema sınıfına mensup bir zatın böyle idam edilmesi büyük bir tepkiyle karşılanmış gerek alimler arasında gerek halk tabakasında dedikodu furyası başlamıştı. Olayı İstanbul'da öğrenen şeyhülislam Ahizade Hüseyin Efendi, Valide Sultan'a (Kösem Sultan'a) bir mektup yazmış, ilmiye ricaline böyle davranmanın sakıncalarını dile getirmişti.
Şeyhülislamın aleyhtarlarından biri, 'Şeyhülislam, padişahı tahtından indirmek için ulemayı evinde topladı' diye Valide Sultan'ı telaşlandıracak ihbarlarda bulundu. Kösem Sultan, durumu şeyhülislamın mektubuyla birlikte, o sırada Bursa'da bulunan Dördüncü Murad'a yetiştirdi. Padişah, büyük bir süratle İstanbul'a geldi. İlk işi, şeyhülislam ile oğlu İstanbul kadısı Mehmed Çelebi'yi ayrı ayrı gemilere bindirip Kıbrıs'a sürmek, yerine Yahya Efendi'yi atamak oldu. Hemen bostancıbaşı Dûçe Mehmed'i, kayıkla efendinin takibi için görevlendirdi, Boğaz'dan çıkmamış ise idam edilmesi için emir verdi. Mehmed Çelebi'nin bindiği gemi, daha evvel hareket ettiği için sahil-i selamete varmıştı. Ancak babasının içinde bulunduğu gemi, hava muhalefetinden dolayı zamanında hareket edememiş, Yedikule açıklarında dalgalarla boğuşmaya başlamıştı.
Bostancıbaşı kayığa yetişti, derhal çevirip Rumeli yakasına yanaştırdı. Bu sırada Sultan Murad da Yedikule'den çıkmış, kıyı sıra gidiyordu. Bostancıya karşıdan işaret ederek yanına çağırdı efendiyi hemen idam etmesi için emir verdi.
Bostancıbaşı, şeyhülislamı sahile yakın Kalitarya köyüne götürerek orada idam etti. Cesedini sahilde kumların altına defnettiler.
Sultan Murad tahta çıkınca yeniçeriler ayaklanmışlar, padişahtan ayak divanı istemişlerdi. Şeyhülislam, bu sırada padişahın kardeşleri olan şehzadeleri öldürmeyeceğine dair verdiği teminata inanmayan ocaklıya karşı vezir-i azam Topal Recep Paşa ile birlikte kefil olmuştu.
2-Hocazade Mesud Efendi
Dördüncü Mehmed zamanında meydana gelen 'Vak’a-i vakvakiye'de yeniçerilerin isteğiyle şeyhülislam oldu. Özü sözü doğru bir kimseydi.
Daha önceleri sarayca nüfuz sahibi olduğundan, kendisinin tavsiyesiyle vezir-i azam Boynueğri Mehmed Paşa'nın ocağı tahrik etmesi ve Sultan Süleyman'ı tahta geçirmeyi düşünüyor, diye gizlice mektup yazması üzerine Diyarbakır'a gitmek üzere Bursa'ya gönderildi.
Bursa'ya vardıktan sonra, Diyarbakır'a gitmek için yollarda eşkıya korkusu olduğundan maiyetine sekban (muhafız) yazdırılması için teşebbüse geçmişti. Nereye gitse amansız bir hasımla karşılaşan biçare efendi, bu sefer de eski düşmanlarından Bursa kadısı Ruhullah Efendi'nin tuzağına yakalandı. Ruhullah Efendi’nin asker yazdırmaktan maksadı, İstanbul üzerine yürümek ve padişahı tahtından indirmektir!' diye saraya ihbarlarda bulundu. Bunun üzerine, derhal katledilmesi için Bursa'ya haber gönderildi. Padişahın iradesini yerine getirmek için harekete geçen katillerin üzerine dalkılıçatıldı. Birkaçını tepeledi, sonunda kendisi de şehit oldu. Cesedi meydana atıldı. Bu olayda başrolü oynayan mahut Ruhullah Efendi daha sonra, Köprülü Mehmed Paşa tarafından katledildi.
3-Feyzullah Efendi
Erzurumludur. İkinci Mustafa devrinde şeyhülislam oldu. Padişah tahta çıkar çıkmaz, şehzadeliğinde kendisine hocalık yapan Feyzullah Efendi'yi bu makama getirdi. Hazret dokuz yıl bu görevde kaldı. Mutlak bir otorite kurarak kendi yakınlarının devlet kademelerinde istihdam edilmelerini sağladı. 1703'te tahrik sonucu meydana gelen meşhur 'Edirne Vak'ası' sırasında bu şehre getirildi. İstanbul'dan Edirne'ye doğru yürüyen ve sayıları altmış bin kişiyi bulan isyancıların korkunçişkencelerine maruz kaldı. Halefi Edirne kadısı Yekçeşm Hüseyin Efendi'nin fetvasıyla korkunçbir şekilde katledildi.
Görünüşteki suçu, daha önce Kaminiçşehrinin civarıyla beraber Lehlilere teslim edilmesi için fetva vermesi, gerçekte ise ilmiye ricalinden birçok önemli şahsiyeti açlığa mahkum etmesi, yukarıda da belirtildiği gibi, devlet mansıplarını kendi yakınlarıyla doldurmasıydı. Hatta ölümünden sonra oğlunun şeyhülislam olması için padişahtan ferman almayı bile başarmıştı.
Cesedinin ayağına ip takılarak Edirne sokaklarında, bir Hıristiyan cenazesinin arkasında dolaştırıldıktan sonra Tunca nehrine atıldı. İhtilalin asıl sebebi Efendi olduğundan Osmanlı tarihlerinde bu olaya 'Müfti Vak'ası' denildi. Meşhur 'Şefikname'nin konusu bu isyandır. Fatih’te bulunan ve bugün 'Millet Kütüphanesi' olarak bilinen tarihi bina, merhumun önemli hayır eserlerinden biridir.